Образовавшемуся практически одновременно с музеем архиву ЧерМО уже более 100 лет. Он является крупнейшим и старейшим архивным собранием Вологодской области. За столь долгий срок существования в нем отложились богатейшие материалы по светской и духовной истории русского Севера. Это, в первую очередь, фонды духовных корпораций края: древнейших монастырей Череповецкого Воскресенского и Кирилло-Новоезерского – и других местных обителей.
Существует несколько Каталогов-путеводителей по церковным фондам, многие документальные материалы были опубликованы. По составу фондообразователей собрание документов XVI – XVIII вв. делится на 4 раздела: материалы из архива Холмогорского архиерейского дома; материалы духовных корпораций; документы из архивов церквей; материалы из светских частных архивов. Обширны и интересны и фонды документов более позднего времени.
